直到1890年代，冷凍干燥技術才真正進入工業化過程。Richard Altmann（理查德·阿爾特曼）開發了一種使植物和動物組織冷凍干燥的工藝，但是直到1920年代后期和1930年代，該工藝才被人們廣泛注意到。

正是在這個時候，Tival和Elser申請了冷凍干燥系統，該系統在1909年Shackell發明了真空室之后得到了改進。 這項系統大大改善了冷凍和冷凝的步驟。隨后，在1950年代和1960年代，隨著消費者需求的變化，冷凍干燥技術開始在食品工業中得到更廣泛的應用。

食品工業中凍干技術的應用，早期主要是用于軍事口糧和為宇航員開發的食品。凍干食品相對更長的保質期使其能夠滿足軍事和NASA的特殊需求。

早期嘗試的“試管”餐食和“試管”零食，它們很難補充水分。這對于宇航員來說，凍干食物的再水化，為此帶來了一項重大改進。

與風干（Air-drying，另一種常見的食物保存形式）相比，需要在空氣中對物料進行熱處理，在此過程中不會損失無聊品質。但是，風干會導致物理變化，包括物料收縮和微觀結構被破壞，生化效應和化學反應。

當涉及微生物感染和變質時，食品保鮮也會出現問題。即使在低溫環境下，微生物仍然會存在，這就是為什么必須正確包裝和存儲食物，以避免吸收水分的原因。

如今，冷凍干燥技術已用于多種常見食品中，包括冷凍干燥的速溶咖啡、冰淇淋、果蔬、肉類和肉類替代品等。該過程可用于生產需要“鎖定”所需營養元素的優質食品。